Este proyecto se compone de las siguientes fases: planificación, producción, ejecución y evaluación. Durante la fase ejecución el personal investigador de la Fundación Fisabio plantea un reto científico relacionado con su área de trabajo a alumnado de ESO, Bachillerato y Formación Profesional de zonas rurales de la Comunitat Valenciana.

El estudiantado que acepta el reto desarrolla una investigación que le lleva a resolverlo. Esta investigación cuenta con una parte teórica seguida de una parte práctica, que en todo momento cuenta con el soporte y aval del personal investigador de Fisabio, el cual trabaja junto con el profesorado con este fin. Con los resultados de la investigación el alumnado diseña y crea un producto de divulgación científica con el que difunde los resultados de su estudio. Posteriormente, se celebra una gala en el centro educativo correspondiente en la cual se exponen los trabajos realizados para que así todos los/as alumnos/as conozcan la labor desarrollada por sus compañeros/as.

Para finalizar, los/las participantes en El Reto Fisabio tienen la oportunidad de conocer en persona las instalaciones de la Fundación a través de una visita guiada y, mediante esta, entrar en contacto con el personal investigador con el que han estado trabajando por vía telemática durante el desarrollo del reto. Así, estos jóvenes pueden ver de cerca cómo se desarrolla la práctica científica real, especialmente aquella relacionada con el tema que han trabajado. Por ejemplo; pueden ver cómo son los instrumentos que se requiere utilizar para la investigación; entender las dinámicas y espacios que hacen posible la práctica científica, especialmente en el ámbito de la biomedicina; así como resolver las dudas que tengan relacionadas con el conocimiento científico.